Aujourd’hui, les grandes entreprises et administrations publiques hésitent entre continuer à utiliser des logiciels propriétaires ou basculer vers les Logiciels Libres. Pourtant, la plupart des logiciels libres sont capables de bien traiter les données issues des logiciels propriétaire, et parfois avec une meilleur compatibilité.
C’est alors la barrière de la prise en main qui fait peur, et pourtant...
Les logiciels libres
L’aspect « Logiciel Libre » permet une évolution rapide et une plus grande participation des utilisateurs. Les aides et tutoriels foisonnent sur Internet ou sont directement inclus dans le logiciel lui-même.
Enfin, les concepteurs sont plus proches des utilisateurs, ce qui rend les logiciels libres plus agréable à utiliser et conviviaux.
Grâce à la disponibilité des logiciels libres, vous trouverez facilement des services de support techniques et la licence n’est plus un frein à l’utilisation de ces logiciels par votre personnel.
Notre support technique concerne essentiellement les logiciels libres, que ce soit sous forme de services ponctuels ou de tutoriels.
- Juin 2023 -
Sommaire
C'était en 2020 et j'étais, fraîchement thésé, assistant hospitalo-universitaire dans une faculté de médecine française. J'y enseignais la lecture critique d'article, une matière qui consiste à savoir lire et comprendre ce qu'on peut déduire, mais aussi ce qu'on ne peut pas déduire, d'un article médical.
Est arrivé le Covid et, à partir de la mi-mars, tous les cours aux étudiants ont été suspendus, et tous les protocoles de recherche clinique sur lesquels je travaillais interrompus. Médecin de santé publique, je n'avais pas d'activité de soin. Je me suis donc retrouvé seul chez moi, désœuvré. Dans le même temps, il faut bien avouer que la fac avait initialement abandonné ses étudiants à eux-mêmes.
Je me suis donc proposé de fournir aux étudiants des clés pour comprendre l'événement en cours, et quoi de mieux, pour ce faire, que de rédiger une épreuve blanche de lecture critique d'article, la recherche médicale étant au centre de l'événement ?
Ni une ni deux, je télécharge donc le PDF de cette étude marseillaise dont parlaient tous les médias. J'arrivais sans idée préconçue, désirant voir par moi-même. Après tout, c'est mon métier.
En quoi consiste l'étude ?
Il s'agit de la première étude à avoir "mis en évidence" un effet de l'hydroxychloroquine sur le Covid-19. Pour ce faire, les auteurs ont comparé le temps de clairance du Sars-CoV-2 chez des patients traités par hydroxychloroquine et des patients non traités par hydroxychloroquine. Le temps de clairance, c'est le délai avant d'avoir une PCR négative en partant de la première PCR positive.
Les auteurs n'auraient jamais pu mettre en place une étude comparative randomisée. Il n'y avait que des données biologiques très vagues, un comité d'éthique aurait bloqué immédiatement. Ils ont contourné le problème en comparant a posteriori leurs patients (traités par hydroxychloroquine) à ceux d'autres hôpitaux. On est dans de la réutilisation de données médicales, pas besoin de comité d'éthique (on peut quand même demander un avis, d'ailleurs ça a été fait, mais il est automatiquemnt favorable comme dans tous les cas de figure où la législation n'impose pas de comité d'éthique).
Cependant, dans tous les services, des patients ont présenté une insuffisance respiratoire et ont dû passer en réanimation. Les réanimateurs arrêtaient systématiquement les conneries l'hydroxychloroquine. Se pose alors la question : dans quel groupe compter un patient qui a eu le protocole hydroxychloroquine incomplet ? Les auteurs les ont exclus de l'étude. C'est ce qu'on appelle une analyse per-protocole, par opposition à l'analyse en intention de traiter, où un patient est toujours analysé dans son groupe initial, quelle que soit son évolution clinique.
Les auteurs mettent en évidence une clairance nasopharyngée plus rapide sous hydroxychloroquine.
Où est le problème ?
Les problèmes. Ils sont multiples, et majeurs.
Commençons par l'éléphant dans la pièce : l'analyse en per-protocole. Concrètement, elle a abouti à retirer tous les patients les plus graves du groupe hydroxychloroquine. Ce qui revient à dire, rétrospectivement, quand le traitement n'a pas marché, qu'en fait il faut considérer qu'il ne l'a pas eu. Il n'est jamais réalisé d'études en per-protocole pour démontrer la supériorité d'un traitement, précisément pour cette raison. Si on réanalyse l'étude en intention de traiter, l'effet de l'hydroxychloroquine disparaît.
Mais ce n'est pas tout.
Ce ne sont pas des patients qui ont été comparés, mais des hôpitaux. En effet, tous les patients étaient traités par hydroxychloroquine à l'IHU, contre aucun dans les services contrôle. Or, des services différents peuvent avoir un recrutement différent, en termes d'âge, de classe sociale, de facteurs de risque. Ils ont systématiquement un personnel différent, avec une disponibilité et des habitudes de prescription différentes. Un médicament autre que l'hydroxychloroquine peut tout à fait jouer un rôle. L'âge peut jouer un rôle. Mille détails peuvent jouer un rôle.
Mais ce n'est pas tout.
Le critère de jugement, le délai de clairance, n'a pas grande pertinence clinique. Ce qui intéresse un patient, ce n'est pas de savoir s'il a du virus dans le nez. C'est de ne pas faire d'insuffisance respiratoire, de ne pas mourir et de ne pas finir handicapé. Tout ça peut s'observer sans matériel compliqué : il suffit de parler au patient 2 minutes par jour. Il y a même un patient qui a été exclu de l'étude parce que "traitement incomplet" alors qu'il est mort à J3. Sauf que le décès n'est pas un critère de jugement, même secondaire.
Mais ce n'est pas tout.
Les patients atteints de Covid ne manquaient pas, en 2020. Pourtant, l'étude est minuscule : 36 patients. On ne peut même pas appliquer le théorème central limite pour faire les stats. Pourquoi un si petit nombre de patients ? Il est connu que les petites études sont moins fiables.
Mais ce n'est pas tout.
Les auteurs choisissent comme critère de réponse "avoir un délai de clairance inférieur ou égal à 6 jours". Mais ils ont considéré un patient négatif à J6, mais de nouveau positif à J8, comme validant ce critère, alors qu'il n'avait manifestement pas éliminé le virus à J6.
En guise de conclusion
Voilà, cher journal, le type d'études que publie le Pr Raoult. Ce n'est pas inventé : tout est écrit, et de sa main. Tout est disponible en ligne. Ne me crois pas sur parole, cher journal : lis et vois par toi-même. Ce n'est pas de l'acharnement gratuit : je n'ai fait que lire et commenter la méthodologie de l'article. Je n'ai aucun conflit d'intérêts, à part celui que nous avons tous : je cherche à minimiser ma dissonance cognitive, et cet article est extrêmement dissonant, non pas par ses conclusions, mais par son absence totale de considération pour la démarche scientifique.
Au final, mon épreuve de lecture critique d'article n'a jamais été proposée aux étudiants. La raison ? J'avais été trop gentil avec l'article. Je n'arrivais juste pas à composer un sujet qui n'offre pas les réponses sur un plateau d'argent, tellement elles étaient évidentes.
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